Trong giai đoạn đầu của thời kỳ đổi mới, xoá bỏ bao cấp, chuyển đổi kinh tế từ kế hoạch hoá tập trung sang cơ chế thị trường theo định hướng xã hội chủ nghĩa, ngành y tế đứng giữa cơ chế cũ cần xoá bỏ và cơ chế mới chưa hình thành. Các cơ sở KCB đứng trước những khó khăn rất lớn do nhu cầu KCB của người dân ngày càng tăng, trong khi khả năng tài chính Nhà nước cấp cho ngành y tế tăng không đủ với nhu cầu thực tế. Ngân sách Nhà nước dành cho y tế chỉ đủ để duy trì và vận hành bộ máy hoạt động của các cơ sở y tế. Vì vậy, đổi mới công tác KCB và chăm sóc sức khoẻ cộng đồng là nhiệm vụ hàng đầu của ngành Y tế. Thực hiện chủ trương đổi mới trên lĩnh vực y tế theo tinh thần Nghị quyết Đại hội VI của Đảng, ngày 24/4/1989 Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) ban hành Quyết định số 45/HĐBT cho phép các cơ sở KCB thu một phần viện phí. Nội dung của Quyết định nêu rõ: "ở những nơi có điều kiện, có thể áp dụng thử chế độ bảo hiểm sức khoẻ hoặc ký hợp đồng khám chữa bệnh với các tổ chức y tế trong quốc doanh và ngoài quốc doanh, lập các quỹ bảo trợ y tế địa phương hoặc y tế cơ sở giúp đỡ người bệnh không có khả năng trả một phần viện phí. Đó là những chuyển đổi quan trọng đầu tiên của quá trình đổi mới, giải pháp phù hợp đòi hỏi của thực tiễn công tác chăm sóc và bảo vệ sức khoẻ nhân dân. Để có những kinh nghiệm từ thực tiễn, Bộ Y tế tổ chức thí điểm BHYT, từ đó tổng kết đúc rút kinh nghiệm để tổ chức BHYT phù hợp với hoàn cảnh và điều kiện nước ta. Từ cuối năm 1989 đến tháng 6 năm 1991, một số địa phương, bệnh viện đã tổ chức thí điểm BHYT như: bảo hiểm sức khoẻ tại Hải Phòng, xây dựng quỹ KCB BHYT ở Vĩnh Phú, BHYT tự nguyện ở huyện Mỏ Cáy - Bến Tre, BHYT tự nguyện ở Quảng Trị, Quỹ KCB tại bệnh viện Đường sắt, "Quỹ bảo trợ y tế" tại bệnh viện Bưu điện... Đã có 3 tỉnh, thành phố tổ chức thí điểm BHYT toàn tỉnh: Hải Phòng. Quảng Trị. Vĩnh Phú, có 4 tỉnh có cơ quan BHYT cấp tỉnh: Hải Phòng, Quảng Trị, Phú Yên, Bến Tre và có 24 quận, huyện của 14 tỉnh, thành phố trong cả nước thí điểm BHYT không kể các hình thức bảo hiểm chữa bệnh do một số bệnh viện tổ chức.

Ngày 15/8/1992 Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) đã ban hành Nghị định 299/HĐBT kèm theo Điều lệ Bảo hiểm y tế khai sinh ra chính sách BHYT ở Việt Nam

Việc thí điểm BHYT đã giúp chúng ta nhận thấy mô hình nào là hiệu quả, áp dụng hình thức BHYT nào với từng loại đối tượng. Qua thí điểm đã có định hướng mới không chỉ tạo thêm nguồn tài chính mà còn tạo điều kiện để từng bước cải tiến hệ thống KCB phù hợp với điều kiện mới, hiệu quả và chất lượng, đáp ứng được nhu cầu KCB cơ bản và lâu dài cho cán bộ và nhân dân với chất lượng ngày một tốt hơn. Kết quả của thí điểm BHYT cho thấy xu hướng phát triển của BHYT là đúng và phù hợp. Khi tổ chức ở một số địa bàn với các quy mô hình thức khác nhau khẳng định BHYT là một xu thế tất yếu và là hướng đi đúng để tăng cường chất lượng phục vụ sức khoẻ nhân dân cơ bản và lâu dài. Muốn BHYT phát triển được phải có cơ sở pháp lý và có một hệ thống tổ chức BHYT đủ sức tổ chức thực hiện chính sách mới này. Thí điểm BHYT đã hình thành một tư duy mới trong quản lý y tế là tư duy quản lý y tế bằng biện pháp kinh tế. Các bệnh viện có hợp đồng với BHYT đã dần dần tổ chức hạch toán kinh tế nội bộ để nâng cao hiệu quả quản lý trong vật tư, tài chính, sử dụng thuốc chữa bệnh. Bắt đầu xuất hiện cơ chế quản lý có năng suất, chất lượng và tiết kiệm chi tiêu hơn. Tuy nhiên, vì chưa làm cho cán bộ và nhân dân hiểu rõ lợi ích của BHYT, không ít người nghĩ rằng kinh tế còn nghèo, lương còn thấp nên không làm BHYT được.

Chất lượng khám, chữa và phục vụ người bệnh ở những cơ sở y tế chưa lấy lại được lòng tin của dân. Từ đó các địa phương làm thí điểm BHYT gặp không ít khó khăn khi triển khai thực hiện. Qua thực hiện thí điểm và tình hình chung về công tác KCB trên cả nước, Uỷ ban Y tế và Xã hội của Quốc hội cho rằng trong thời gian này chưa nên ban hành Pháp lệnh BHYT, chỉ nên ban hành Nghị định quy định việc thực hiện chế độ BHYT để vừa thực hiện, vừa rút kinh nghiệm. Hiến pháp nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam năm 1992 quy định: “Nhà nước đầu tư, phát triển và thống nhất quản lý sự nghiệp bảo vệ sức khoẻ của nhân dân, huy động và tổ chức mọi lực lượng xã hội xây dựng và phát triển nền y học Việt Nam theo hướng dự phòng... kết hợp phát triển y tế Nhà nước với y tế nhân dân; thực hiện bảo hiểm y tế, tạo điều kiện để mọi người dân được chăm sóc sức khoẻ".

Thực hiện Hiến pháp, việc KCB cho nhân dân được kiểm nghiệm qua thực tế bằng các hình thức thí điểm. Ngày 15/8/1992 Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) đã ban hành Nghị định 299/HĐBT kèm theo Điều lệ Bảo hiểm y tế khai sinh ra chính sách BHYT ở Việt Nam. Ngày 28/7/1994, Chính phủ ban hành Nghị định 95/NĐ-CP về việc thu một phần viện phí. Sau 5 năm tổ chức thực hiện Điều lệ BHYT theo nội dung của Nghị định 299/HĐBT, chính sách BHYT đã bộc lộ một số khó khăn:

- Về mặt tổ chức: Cơ quan BHYT trực thuộc địa phương nên mọi hoạt động do UBND tỉnh và Sở Y tế chỉ đạo do vậy việc thực hiện chính sách BHYT tại các địa phương không thống nhất ảnh hưởng đến quyền lợi của người tham gia BHYT.

- Về quản lý và sử dụng quỹ khám chữa bệnh BHYT: Quỹ của địa phương nào địa phương đó tự quản nên việc sử dụng quỹ BHYT cũng không thống nhất, ngoài việc sử dụng vào chi phí KCB còn sử dụng vào nhiều mục đích khác nhau. Vì quỹ BHYT không tập trung nên việc điều tiết giữa các địa phương không thực hiện được dẫn đến một số địa phương bị vượt quỹ BHYT làm ảnh hưởng đến chính sách BHYT. Quy định thanh toán một phần viện phí, nhiều cơ sở KCB chưa làm quen với cơ chế thị trường trong KCB. Người có thẻ đi KCB không còn được bao cấp như trước mà phải nộp một phần chi phí, có sự so sánh giữa bệnh nhân có thể BHYT với bệnh nhân nộp viện phí, cơ sở KCB bắt đầu có sự phân biệt đối xử trong KCB. Hình thành sự khác biệt về chi phí KCB giữa các tuyến trong điều trị, các bệnh viện tuyến càng cao thì gia tăng chi phí y tế càng lớn dẫn đến tình trạng vượt quỹ BHYT, khả năng cân đối của quỹ BHYT khó có thể thực hiện được nếu không sớm thay đổi chính sách BHYT.

Về BHYT tự nguyện trong giai đoạn này chưa có văn bản quy phạm pháp luật quy định thực hiện BHYT cho đối tượng tự nguyện, chỉ có một số văn bản mang tính hướng dẫn thí điểm thực hiện một số tỉnh và tập trung chủ yếu đối tượng tự nguyện là học sinh, sinh viên.

Ngày 13/8/1998 Chính Phủ ban hành Nghị định số 58/1998/NĐ-CP kèm theo điều lệ BHYT mới. Qua 6 năm tổ chức thực hiện chính sách BHYT theo nội dung của Nghị định 58/1998/HĐBT chúng ta đã đạt được những kết quả bước đầu quan trọng, số người tham gia BHYT ngày càng tăng, năm sau cao hơn năm trước. Mỗi năm hàng ngàn bệnh nhân nặng đã được BHYT chỉ trả từ vài chục triệu đến hàng trăm triệu đồng. Thực tế cho thấy BHYT góp phần nâng cao chất lượng KCB tại các cơ sở y tế nhất là ở các tỉnh, huyện nghèo. Điều đó khẳng định tính đúng đắn của chính sách chăm sóc sức khoẻ nhân dân của Đảng và Nhà nước trong thời kỳ mới của đất nước. Trong giai đoạn này, hệ thống BHYT được tổ chức theo mô hình đa quỹ, mô hình tổ chức này đã phát huy được tính chủ động, sáng tạo và trách nhiệm của các cấp lãnh đạo chính quyền địa phương, ngành cũng như các tổ chức đoàn thể tại địa phương, đáp ứng các yêu cầu nhiệm vụ đặt ra trong giai đoạn đầu tổ chức thực hiện chính sách BHYT. Tuy nhiên, mô hình tổ chức này cũng đã sớm bộc lộ những bất cập mà trước hết là sự gia tăng tình trạng cục bộ, không thống nhất trong tổ chức thực hiện chính sách BHYT giữa các địa phương và ngành. Quyền lợi của người có thẻ BHYT theo đó cũng không được đảm bảo thống nhất và công bằng trong phạm vi cả nước. Đặc biệt khi người bệnh có thẻ BHYT do điều kiện công tác hoặc thay đổi nơi tạm trú phải chuyển sang các cơ sở KCB khác ngoài địa phương hoặc chuyển tuyến điều trị theo yêu cầu chuyên môn. Một số cơ quan BHYT cấp tỉnh đã thành lập bộ phận đại diện của mình tại các địa phương khác để tổ chức thực hiện chính sách BHYT theo những quy định mang tính đặc thù riêng của địa phương mình kéo theo sự gia tăng biên chế và tạo nên sự chồng chéo, cồng kềnh về tổ chức ngay tại một cơ sở KCB. Bên cạnh đó, cơ quan BHYT cấp tỉnh phải chịu sự quản lý của nhiều cấp, vừa ngang (trực thuộc địa phương) lại vừa dọc (chịu sự quản lý, chỉ đạo và hướng dẫn về chuyên môn nghiệp vụ của BHYT Việt Nam). Sự phân định trách nhiệm giữa các cấp quản lý về KCB BHYT không được rõ ràng, dẫn đến ảnh hưởng không tốt đến quyền lợi của người bệnh có thẻ BHYT. Việc điều hành, quản lý cục bộ và không thực hiện được đầy đủ tính cộng đồng đã trái với nguyên lý quan trọng nhất của hoạt động BHYT. Cơ chế này cũng không cho phép điều tiết quỹ BHYT từ nơi còn dư đến nơi thiếu. Vì vậy, BHYT Việt Nam không thực hiện điều tiết được nguồn kinh phí KCB còn dư ở một số địa phương, ngành khác để bù đắp cho các cơ sở KCB bị bội chi và mất cân đối quỹ BHYT. Trong khi nhiều địa phương (trên 20 tỉnh, thành phố) lâm vào tình trạng vỡ quỹ BHYT thì không ít các tỉnh, thành phố và đặc biệt là BHYT các ngành có số kết dư lớn và đã sử dụng nguồn tài chính này cho các mục đích khác không đúng với quy định.

Ngày 16/5/2005 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 63/2005/NĐ-CP kèm theo Điều lệ BHYT mới thay thế Nghị định số 58/1998/NĐ-CP.

Sau 15 năm thực hiện Nghị định 299/HĐBT ngày 15/8/1992 kèm theo Điều lệ về BHYT. Với 2 lần sửa đổi bổ sung bằng Nghị định số 58/NĐ-CP ngày 13/8/1998, Nghị định số 63/NĐ-CP ngày 16/5/2005 cho phù hợp với điều kiện kinh tế xã hội của từng thời kỳ. Chính từ những bài học kinh nghiệm trong thời gian 15 năm thực hiện chính sách BHYT chúng ta thấy rõ hơn chính sách BHYT có mối quan hệ hết sức phức tạp, liên quan tới mỗi người và cả cộng đồng. Do đó, cần sớm có một bộ Luật về BHYT để điều chỉnh những mối quan hệ xã hội quan trọng này.

“... Phát triển và nâng cao chất lượng BHYT; xây dựng và thực hiện tốt lộ trình tiến tới BHYT toàn dân; phát triển mạnh các loại hình BHYT tự nguyện, BHYT cộng đồng. Mở rộng diện các cơ sở y tế công lập và ngoài công lập khám, chữa bệnh theo BHYT. Hạn chế và giảm dần hình thức thanh toán viện phí trực tiếp từ người bệnh. Đổi mới phương thức thanh toán viện phí qua quỹ BHYT." (Trích Nghị quyết Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ X của Đảng cộng sản Việt Nam, phần phương hướng nhiệm vụ phát triển kinh tế, xã hội 5 năm 2006-2010). Ngày 14 tháng 11 năm 2008 tại kỳ họp thứ 4 Quốc hội khoá XII đã thông qua Luật BHYT điều chỉnh các mối quan hệ liên quan tới các chủ thể tham gia BHYT gồm 10 Chương, 52 điều quy định quyền và nghĩa vụ của các bên tham gia, trách nhiệm của Nhà nước, các cơ quan quản lý đối với chính sách xã hội quan trọng này./.