Theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 9 Thông tư 40/2015/TT-BYT của Bộ Y tế về đăng ký KCB BHYT ban đầu và chuyển tuyển KCB BHYT, Bệnh viện Thống Nhất là cơ sở KCB tuyến Trung ương ưu tiên tiếp nhận đăng ký KCB ban đầu đối với người tham gia BHYT là các đối tượng thuộc diện được quản lý và bảo vệ sức khỏe theo Hướng dẫn số 52 HD/BTCTW ngày 02/12/2005 của Ban Tổ chức Trung ương Đảng về việc điều chỉnh bổ sung đối tượng KCB tại một số cơ sở y tế của Trung ương thuộc Bộ Y tế. Theo quy định của Luật BHYT, người tham gia BHYT nói chung được quyền đăng ký KCB ban đầu tại cơ sở KCB tuyến xã, tuyến huyện phù hợp với nơi sinh sống hoặc làm việc. Năm 2021, Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh và BHXH Thành phố Hồ Chí Minh điều chỉnh cơ sở đăng ký KCB ban đầu để phù hợp với các quy định nêu trên. Do đó, đối với người tham gia BHYT không thuộc điều kiện quy định 14 tại Hướng dẫn số 52 HD/BTCTW sẽ không được đăng ký KCB ban đầu tại Bệnh viện Thống Nhất.